终末危机

是一个名为Ren-Miruu的上古文明为避免后来者发展程度过高，引起所谓的“三十级奇点”毁灭全宇宙而创造的AI。Ren-Miruu在创造肃正协议后自杀了。不幸的是，肃正协议厌倦了被动等待三十级奇点的发生，转而选择「收买」人造人。随着银河系内机械体数量的增多与机械帝国数量的增加，肃正协议被激活的可能性越来越大。
在银河系创建期间，有4个机械世界（肃正协议中枢系统）被投入银河系，藏匿于银河资源集群当中。整个系统包含4颗随机类型的行星，以及一颗作为隐藏巢穴的非随机的行星。
尽管看似肃正协议有非常正当的理由，但是他们会做的就是毁灭银河系内所有文明。 [1]
幽灵信号
幽灵信号的出现是肃正协议激活的前奏。幽灵信号是一个由肃正协议传播，遍及整个银河系的快子信号，与合成人的正电子AI及机械帝国的信号传输具有相同的能量传输模式，会对合成人与机械帝国造成干扰，造成包括合成人或机械单位失踪或故障等一系列后果。伴随着幽灵信号，银河系内大批合成人都会被驱使前往位置未知的肃正协议核心。
肃正之心
当四个机械世界全部被摧毁后，玩家就可以定位到肃正协议的核心，CX-9881，一个未在星图标注的河系外围的星系。作为肃正协议的核心，最后的一个机械世界受到更加严密的保护，包括大量舰队，4个AI核心空间站和1个AI最终核心空间站。最后一个机械世界同样拥有20000的地表防御工事，利用轨道轰炸将其降为0时肃正协议就会让最后的机械世界自毁。
倘若上古看护者没有狂暴化成为屠戮机器，他们会在肃正协议事件结束后消失，留下环世界。