Akatsuki (暁) ("roter (Aka=Rot) Mond (Tsuki=Mond)" bedeutet "Morgendämmerung") ist eine Organisation von Kriminellen, sogenannten Nuke-Nin, die Tobi, der sich selbst als Madara Uchiha bezeichnet, nach eigenen Angaben, nach der Niederlage gegen Hashirama Senju gegründet hat. Alle Mitglieder von Akatsuki sind Verbrecher der Fahndungsstufe "S", die ihre Heimatdörfer verraten und sich der Organisation angeschlossen haben. Das Ziel der Organisation ist das Extrahieren aller Bijuu.
Aus diesen will Pain die ultimative Waffe erstellen, um der Welt seine Interpretation von Frieden aufzuzwingen.Akatsuki arbeitet anfänglich im Verbogenen; vollzieht Attentate und Spionage, ohne großes Aufsehen zu erregen. In Naruto Shippuuden wird die Gruppe jedoch wesentlich aktiver und nimmt die Rolle des Antagonisten ein. Einige Mitglieder benutzen ihre Mitgliedschaft in der Organisation, um persönliche Ziele zu erreichen. Kakuzu zum Beispiel trat der Organisation bei, um leichter Geld zu verdienen.
Yahikoführer
Akatsuki früher
Akatsuki wurde ursprünglich von Yahiko gegründet, der dies in Tobis Willen tat. Als Yahiko noch der Anführer von Akatsuki war, wurden andere Mäntel getragen. Außerdem gab es früher in Akatsuki viele andere Mitglieder, die anscheinend genau wie die drei Waisen alle aus Amegakure stammten. Zudem ist es glaubhaft, dass Nagato damals noch keine Absichten von seinem "Frieden durch Schmerz"-Plan hatte, da er zu dieser Zeit noch nicht seinen zweiten großen Schmerz erlitt. Bekannt ist außerdem, dass Akatsuki früher nicht aus Nuke-Nin bestand, sondern eine eher friedliche Organisation war, denn ihr Ziel war es Frieden in die Welt zu bringen. Dies ist auch daran zu erkennen, dass keines der Mitglieder einen Strich auf seinem Stirnband hatte, wobei Nagato seinen Strich durch sein Stirnband erst nach seinem zweiten großen Schmerz, also nach Yahikos Tod, mit einem Kunai schnitzte. Wahrscheinlich wurde Akatsuki auch erst danach zu einer gefährlichen und kriminellen Organisation.