199X年、バル・ベルデのサイバーダイン社が襲撃される。愛国者のリーダー“ベネット"率いるEM銃で武装した謎の一団は、ロケランの取扱説明書だけを盗んでいった。そして、伝説の元コマンドー、ジョン・メイトリクス(シュワルツェネッガー)は英国政府から第三次大戦の勃発を防ぐため、ユニークかつ超人的な能力を持つチームのリーダーになることを依頼され、カリフォルニアへ向かう。

軍事情報部のカービー（オルスン)は、テロ行為の黒幕が“ベネット"であると説明し、間もなく開かれるサンタ･バーバラ島会議の妨害を阻止するよう、メイトリクスに命じる。かくしてメイトリクス以下、羽つきカヌーの料理長で元SEALs隊長のライバック(セガール)、現役デルタフォース隊員のマッコイ(チャック・ノリス)、ノストロモ号の元船員で唯一の生き残りのリプリー（ウィーバー）が集まり、“ザ・コマンドー"が結成される。

さらにベトナムで元ユニバーサルソルジャー部隊のリュック(ヴァン・ダム)、“ベネット"の兵士として潜入捜査していた香港国際警察捜査員のチャン(ジャッキー・チェン)、ジャングルに潜伏していた元グリーンベレー隊員のランボー（スタローン)を仲間に加え、7人チームとなった“ザ・コマンドー"は、“ベネット"の野望を拒むため羽つきカヌーで全米川下り選手権に参加する。